سید خلیل مشق تنبور را با سید نادر طاهری آغاز كرد و پس از 2 سال نزد سید امرالّه شاه ابراهیمی رفت. همچنین از درویش امیر حیاتی نیز بهره برد و بعدها به محضر استاد عابدین خادمی راه یافت؛ در این دوره و به صورت همزمان سرپرستی گروه تنبورنوازان صحنه را نیز بر عهده گرفت. وی در سال 1375 (صفحه اول كناب تنبور از دیرباز تا كنون) در رشته موسیقی از دانشگاه هنر فارغ التحصیل شد.

او بر ردیف موسیقی دستگاهی ایران تسلطی كافی داشت. سید خلیل آواز را از مكتب میرزا حسین خادمی آموخته بود و از نادر نادری دف آموخت و تار را از كیخسرو پور ناظری، نواختن تارش به شیوه نوازندگی مكتب برومند نزدیك بود و پرده گیری‌ها و مضراب شمرده و جمله بندی‌هایش در سه تار، شیوه‌ی نوازندگی یوسف فروتن را به یاد می‌آورد. سید خلیل همچنین علاوه بر نوازندگی تنبور به ساخت تنبور و سه‌تار نیز پرداخته‌است و ساخته‌های او با مهر شیدا محصول كارگاه مشترك به همراه عبدالرضا رهنما و بعد از سال 1370 در كارگاه شخصیش با مهر قلندر موجود است.
در اوایل دهه 60 گروه تنبور شمس به سرپرستی كیخسرو پورناظری تشكیل شد و عالی نژاد به جمع این گروه پیوست. حاصل همكاری با گروه تنبور شمس، تكنوازی و جواب آواز ماندگار سید خلیل در كاست صدای سخن عشق بود كه با صدای شهرام ناظری انتشار یافت.
در اواسط دهه 70 سید خلیل خود گروه بابا طاهر را تشكیل داد و اعضای گروه باباطاهر در اجلاس هنرهای دینی (1375 تهران) برنامه‌ای اجرا كردند كه ویدیو آن به نام زمزمه قلندری به نفع خیریه كهریزك دراختیار علاقمندان قرار گرفت. در سال 1371 سیدخلیل به وصیت احمد عبادی برای شركت در مراسم خاكسپاری او به تهران رفت و دیگر هیچ گاه به دیار خود بازنگشت.
او علاوه بر خوانندگی و تنبور نوازی سه تار هم می‌نواخت و دستی چیره بر آن داشت. سال 1376 كه به جشنواره موسیقی حماسی آمد و زیر بغل استاد و پیر مرادش درویش امیرحیاتی را گرفت و او را به صحنه تالار اندیشه آورد تا هنرش را عرضه بدارد. خودش نیز در بخشی از برنامه مقام‌های سوار سوار، سماع رقم چهارم، جلوشاهی و خان امیری را اجرا كرد و زیبایی كارش در آن بود كه ماهور ایلامی و عالی مكان را برای اولین بار عرضه نمود كه مورد تشویق تماشاگران قرار گرفت.

عالی نژاد پس از چند سال ماندگاری در تهران در سال 1379 برای شش ماه به سوئد رفت و برای یك سال نیز اقامتش را تمدید كرد. و عاقبت تنها چند هفته پیش از برگشتن به ایران در 27 آبان 1380 در شهر گوتنبرگ سوئد، به دست افراد ناشناس به قتل رسید و خانه و جسم بی جانش به آتش كشیده شد. ولی به جسم ایشان آسیبی نرسید.